class: center, middle, inverse, title-slide .title[ # ¿Qué onda con el R ] .author[ ### Anahí Canedo Téxon ] .institute[ ### ECOSUR Unidad Villahermosa | Dept. Ecología Evolutiva y Conservación, Bioinformática ] .date[ ### 14 de noviembre 2024 ] --- # TODOS LO ODIAN O TODOS LO AMAN  --- ## Historia * R es un lenguaje de programación creado por los estadísticos Ross Ihaka y Robert Gentleman en 1996.  --- ## ¿Porqué usamos R? * R, es software libre,gratuito * La sintaxis de R es muy simple e intuitiva * **CÓDIGO ABIERTO** Licencia GNU:Libertad del uso, modificación y distribución del software. * R se utiliza para el análisis de datos cuantitativos y cualitativos en diferentes disciplinas. Por ejemplo: [Aplicaciones del R](https://docs.google.com/presentation/d/1Zl64WJvlOn16qjzfF9xmdIpGAjvuZCwdof2xzzpHzb4/edit?usp=sharing) * Permite además desarrollo de software especializado, por ello, la gran diversidad de paquetes. --- ## ------------------ COMUNIDAD DE R------------------ ## ## R-Community: https://r-community.org/usergroups/ ## CDBS: https://comunidadbioinfo.github.io/es/  --- # ¿Qué es y quienes son R-Ladies? Dale click: [ChismeTime](https://ecosur365p-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/anahi_canedo_ecosur_mx/ES4ppuC5NApBgfo50CfYzWEBHkL56EcmBxDQDV5fUMCZMA?e=eyAhg9) --- Pero antes... # ¿Cómo funciona la programación? - *Lógica de la programación explicado con "Scratch"* # Imparte: María José Mondragón. Dale click: [Scratch](https://ecosur365p-my.sharepoint.com/:p:/r/personal/anahi_canedo_ecosur_mx/_layouts/15/Doc.aspx?sourcedoc=%7B6BD0338F-99C6-492D-9777-092E1E751436%7D&file=L%C3%B3gica%20de%20programaci%C3%B3n%20con%20Scratch.pptx&action=edit&mobileredirect=true&DefaultItemOpen=1) --- ## ¿Cómo funciona R? * R es un lenguaje Orientado a Objetos. {width='80%'height=80%} --- ## R y Rstudio **R** es el lenguaje de programación - [R](https://cran.r-project.org/). - [RStudio](https://posit.co/download/rstudio-desktop/). RStudio Desktop es una aplicación de desarrollo de RStudio Inc. Esta app funciona como un entorno de desarrollo integrado (IDE), proporcionando a los usuarios herramientas optimizadas para el lenguaje de programación R. Permite construir scripts, compilar códigos, crear gráficos e incluso trabajar con varios conjuntos de datos en un entorno altamente capacitado. **Generación de Proyectos para Desarrollo de Software ** - La versión de escritorio de RStudio permite optimizar el espacio de trabajo almacenando y organizando los datos en proyectos. Además, ofrece una consola y un editor completo que son limpios y fáciles de navegar. --- ## Interfaz de R Studio  --- ## R Base y Paquetes **R base** * Las funciones disponibles viven en el R HOME es el directorio donde R esta instalado. * **R Base** contiene las funciones básicas del lenguaje para leer y manipular datos, algunas funciones gráficas y algunas funciones estadísticas (regresión lineal y análisis de varianza). **CRAN**: **Comprehensive R Archive Network (CRAN)** * Los archivos necesarios para instalar R, código fuente, las instrucciones de instalación, etc * Actualmente hay ~20,000 paquetes depositados en el CRAN, otros en BioConductor y GitHub. **Biocondutor** Se enfoca al desarrollo y distribución de paquetes de R destinados al anáiisis de datos genómicos, incluyendo herramientas para manipular datos de microarreglos, NGS, single cell genomics, etc. --- # ¿Cómo instalar un paquete del CRAN? - Ejemplo: Sí queremos programar una aplicación web usando las shiny apps: - Instalar el paquete "shiny" ```r # install.packages("shiny") ``` - Para usar ese paquete necesitamos "activarlo", entonces: ```r # library(shiny) ``` --- # 1.¿Qué son los objetos y cuántos tipos hay para el R? ---  ---  --- **¿Cómo crear un objeto?**: Para crear nuevos objetos se denotado con el símbolo “->” o “<-”, incluso con "=". ```r a<-20 20 -> a a=20 ``` --- ## R cómo calculadora **Operaciones simples** ```r 8+9 #sumas ``` ``` ## [1] 17 ``` ```r 1000-84 #restas ``` ``` ## [1] 916 ``` ```r 200/9 #división ``` ``` ## [1] 22.22222 ``` ```r 5*10 #multiplicación ``` ``` ## [1] 50 ``` ```r 10^2 #exponenciales ``` ``` ## [1] 100 ``` --- **Almacenar valores numéricos en un objeto:** ```r a=10 b=50 c=2 ``` **Operaciones con objetos** ```r sum(a+b+c) ``` ``` ## [1] 62 ``` ```r (a+b)^c ``` ``` ## [1] 3600 ``` --- **Enlistar los objetos en el entorno** ```r ls() ``` ``` ## [1] "a" "b" "c" ``` ```r objects() ``` ``` ## [1] "a" "b" "c" ``` **Borrar objetos** ```r rm(color1) ``` ``` ## Warning in rm(color1): objeto 'color1' no encontrado ``` ```r ls() ``` ``` ## [1] "a" "b" "c" ``` **Los comentarios en R** ```r # Esto en un comentario ``` --- # Consultar el manual de ayuda en R de las funciones **Funciones para operaciones numéricas:** ```r ?ls() ?sum() ?sqrt() ?mean() ?median() ``` --- # ¡Manos a la compu! 1.Crea 5 objetos numéricos de 3 dígitos 2.Obten la suma de los objetos que creaste 3.Guarda el resultado de cada operación en un objeto 4.El resultado multiplicalo por el número 2 --- # ¿DÓNDE ESTÁN MIS ARCHIVOS?  ## No te compliques sólo aprendete lo siguiente: --- *Obtener la ruta de trabajo actual:* ```r getwd() ``` ``` ## [1] "/home/anahicanedo/Escritorio/Meetup_14Nov" ``` *Establecer ruta de trabajo nueva, siempre autocompletar con "tab"* ```r #setwd() ``` *Por ejemplo quiero entrar al directorio de documentos:* ```r setwd("/home/anahicanedo/Documentos/") ``` *No olvides comfirmar que se realizó el cambio* ```r #getwd() ``` --- # ¡Manos a la compu! - ¿En qué directorio estás tú? ```r #getwd() ``` - Cambia tu directorio al que tú quieras ```r # setwd("ATUTOCOMPLETA") ``` --- # Cargar un archivo - Para este ejercico utilizaremos una base de datos precargada en R. Para acceder: ```r data("PlantGrowth") ``` - Observa que ya está en tu ambiente - Vamos a "descargar" el archivo a nuestra computadora: ```r write.csv(PlantGrowth, "archivo_nuevo.csv") ``` - Busca el archivo que acaba de crear en tu directorio de trabajo actual - Para cargar archivos de tu computadora al R, debes transformarlos a "csv" y luego: ```r data <- read.csv("archivo_nuevo.csv") ``` * Recuerda autocompletar con "tab"(tu mejor amigo) --- - **¿Quieres seguir aprendiendo?** Dale click en el siguiente enlace: [Github RLadies](https://github.com/rladies/recursos_en_espanol ) --- # Gracias por tu asistencia #¡Te esperamos en el siguiente meetup!  ---