¿Qué onda con el R

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.title[
# ¿Qué onda con el R
]
.author[
### Anahí Canedo Téxon
]
.institute[
### ECOSUR Unidad Villahermosa | Dept. Ecología Evolutiva y Conservación, Bioinformática
]
.date[
### 14 de noviembre 2024
]

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# TODOS LO ODIAN O TODOS LO AMAN
![](data:image/png;base64,#Figuras/RLOVE.png)
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## Historia
* R es un lenguaje de programación creado por los estadísticos Ross Ihaka y Robert Gentleman en 1996. ![](data:image/png;base64,#Figuras/Fig_03.png)

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## ¿Porqué usamos R?

* R, es software libre,gratuito

* La sintaxis de R es muy simple e intuitiva

* **CÓDIGO ABIERTO** Licencia GNU:Libertad del uso, modificación y distribución del software.

* R se utiliza para el análisis de datos cuantitativos y cualitativos en diferentes disciplinas. Por ejemplo: [Aplicaciones del R](https://docs.google.com/presentation/d/1Zl64WJvlOn16qjzfF9xmdIpGAjvuZCwdof2xzzpHzb4/edit?usp=sharing)

* Permite además desarrollo de software especializado, por ello, la gran diversidad de paquetes.

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## ------------------ COMUNIDAD DE R------------------ ##
## R-Community: https://r-community.org/usergroups/
## CDBS: https://comunidadbioinfo.github.io/es/

![](data:image/png;base64,#Figuras/RGlobal.png)
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# ¿Qué es y quienes son R-Ladies?   
Dale click: [ChismeTime](https://ecosur365p-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/anahi_canedo_ecosur_mx/ES4ppuC5NApBgfo50CfYzWEBHkL56EcmBxDQDV5fUMCZMA?e=eyAhg9)
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Pero antes...
# ¿Cómo funciona la programación?  
- *Lógica de la programación explicado con "Scratch"*
# Imparte: María José Mondragón.
Dale click: [Scratch](https://ecosur365p-my.sharepoint.com/:p:/r/personal/anahi_canedo_ecosur_mx/_layouts/15/Doc.aspx?sourcedoc=%7B6BD0338F-99C6-492D-9777-092E1E751436%7D&file=L%C3%B3gica%20de%20programaci%C3%B3n%20con%20Scratch.pptx&action=edit&mobileredirect=true&DefaultItemOpen=1)
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## ¿Cómo funciona R?

* R es un lenguaje Orientado a Objetos.

![](data:image/png;base64,#Figuras/Fig_01.png){width='80%'height=80%}

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## R y Rstudio 
**R** es el lenguaje de programación 
-  [R](https://cran.r-project.org/).

-  [RStudio](https://posit.co/download/rstudio-desktop/).

RStudio Desktop es una aplicación de desarrollo de RStudio Inc. Esta app funciona como un entorno de desarrollo integrado (IDE), proporcionando a los usuarios herramientas optimizadas para el lenguaje de programación R. Permite construir scripts, compilar códigos, crear gráficos e incluso trabajar con varios conjuntos de datos en un entorno altamente capacitado.

**Generación de Proyectos para Desarrollo de Software **

- La versión de escritorio de RStudio permite optimizar el espacio de trabajo almacenando y organizando los datos en proyectos. Además, ofrece una consola y un editor completo que son limpios y fáciles de navegar.

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## Interfaz de R Studio

![](data:image/png;base64,#Figuras/Fig_08.png)
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## R Base y Paquetes
**R base**  
* Las funciones disponibles viven en el R HOME es el directorio donde R esta instalado. * **R Base** contiene las funciones básicas del lenguaje para leer y manipular datos, algunas funciones gráficas y algunas funciones estadísticas (regresión lineal y análisis de varianza).

**CRAN**: **Comprehensive R Archive Network (CRAN)**
* Los archivos necesarios para instalar R, código fuente, las instrucciones de instalación, etc
* Actualmente hay ~20,000 paquetes depositados en el CRAN, otros en BioConductor y GitHub.

**Biocondutor**
Se enfoca al desarrollo y distribución de paquetes de R destinados al anáiisis de datos genómicos, incluyendo herramientas para manipular datos de microarreglos, NGS, single cell genomics, etc. 
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# ¿Cómo instalar un paquete del CRAN? 
- Ejemplo: Sí queremos programar una aplicación web usando las shiny apps:  
- Instalar el paquete "shiny"

```r
# install.packages("shiny")
```
- Para usar ese paquete necesitamos "activarlo", entonces:

```r
# library(shiny)
```
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# 1.¿Qué son los objetos y cuántos tipos hay para el R? 
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![](data:image/png;base64,#Figuras/simples.png)
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![](data:image/png;base64,#Figuras/complejos.png)

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**¿Cómo crear un objeto?**: Para crear nuevos objetos se denotado con el símbolo “->” o “<-”, incluso con "=".

```r
a<-20
20 -> a
a=20
```
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## R cómo calculadora

**Operaciones simples**

```r
8+9 #sumas
```

```
## [1] 17
```

```r
1000-84 #restas
```

```
## [1] 916
```

```r
200/9 #división
```

```
## [1] 22.22222
```

```r
5*10 #multiplicación
```

```
## [1] 50
```

```r
10^2 #exponenciales
```

```
## [1] 100
```
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**Almacenar valores numéricos en un objeto:**

```r
a=10
b=50
c=2
```

**Operaciones con objetos**

```r
sum(a+b+c)
```

```
## [1] 62
```

```r
(a+b)^c
```

```
## [1] 3600
```
---
**Enlistar los objetos en el entorno**

```r
ls()
```

```
## [1] "a" "b" "c"
```

```r
objects()
```

```
## [1] "a" "b" "c"
```

**Borrar objetos**

```r
rm(color1)
```

```
## Warning in rm(color1): objeto 'color1' no encontrado
```

```r
ls()
```

```
## [1] "a" "b" "c"
```
**Los comentarios en R**

```r
# Esto en un comentario
```
---
# Consultar el manual de ayuda en R de las funciones
**Funciones para operaciones numéricas:**

```r
?ls()
?sum()
?sqrt()
?mean()
?median()
```
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# ¡Manos a la compu! 
1.Crea 5 objetos numéricos de 3 dígitos  
2.Obten la suma de los objetos que creaste  
3.Guarda el resultado de cada operación en un objeto  
4.El resultado multiplicalo por el número 2
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# ¿DÓNDE ESTÁN MIS ARCHIVOS?
![](data:image/png;base64,#Figuras/ubicaciones.png)

## No te compliques sólo aprendete lo siguiente:

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*Obtener la ruta de trabajo actual:*

```r
getwd()
```

```
## [1] "/home/anahicanedo/Escritorio/Meetup_14Nov"
```
*Establecer ruta de trabajo nueva, siempre autocompletar con "tab"*

```r
#setwd()
```
*Por ejemplo quiero entrar al directorio de documentos:*

```r
setwd("/home/anahicanedo/Documentos/")
```
*No olvides comfirmar que se realizó el cambio*

```r
#getwd()
```
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# ¡Manos a la compu! 
- ¿En qué directorio estás tú?

```r
#getwd()
```
- Cambia tu directorio al que tú quieras

```r
# setwd("ATUTOCOMPLETA")
```
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# Cargar un archivo
- Para este ejercico utilizaremos una base de datos precargada en R. Para acceder:

```r
data("PlantGrowth")
```
- Observa que ya está en tu ambiente
- Vamos a "descargar" el archivo a nuestra computadora:

```r
write.csv(PlantGrowth, "archivo_nuevo.csv")
```
- Busca el archivo que acaba de crear en tu directorio de trabajo actual 
- Para cargar archivos de tu computadora al R, debes transformarlos a "csv" y luego:

```r
data <- read.csv("archivo_nuevo.csv")
```
* Recuerda autocompletar con "tab"(tu mejor amigo)
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- **¿Quieres seguir aprendiendo?**

Dale click en el siguiente enlace:
[Github RLadies](https://github.com/rladies/recursos_en_espanol )
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# Gracias por tu asistencia   
#¡Te esperamos en el siguiente meetup!   
![](data:image/png;base64,#Figuras/organizadoras.jpg) 
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